Tại khoản 3 Điều 12 Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ngày 14/2/2015 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ đối với đơn vị sự nghiệp công lập quy định:
“Phân phối kết quả tài chính trong năm: a) Hàng năm, sau khi hạch toán đầy đủ các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp ngân sách nhà nước khác (nếu có) theo quy định, phần chênh lệch thu lớn hơn chi thường xuyên (nếu có), đơn vị được sử dụng theo trình tự như sau:…”
Theo quy định nêu trên chỉ có chi thường xuyên mới được tính chênh lệch thu chi để trích quỹ và chi thu nhập tăng thêm. Phần kinh phí được giao theo định mức biên chế ở nguồn không thường xuyên khi còn dư nếu thuộc đối tượng chuyển nguồn theo quy định tại khoản 1 Điều 43 Nghị định số 163/2016/NĐ-CP ngày 21/21/2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật NSNN thì được chuyển sang năm sau để tiếp tục sử dụng, nếu không thì hủy dự toán hoặc nộp ngân sách nhà nước (đối với trường hợp dư tạm ứng).