Trả lời:
– Căn cứ Khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 hướng dẫn về thuế GTGT và quản lý thuế tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) hướng dẫn điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
“Điều 1.
… “Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp giá trị hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng, hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT và trường hợp cơ sở kinh doanh nhập khẩu hàng hóa là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này.
…”
– Căn cứ Khoản 6 Điều 14 Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành luật thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều luật thuế GTGT hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào:
“6. Số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn bộ, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế.”
– Căn cứ Khoản 5 Điều 10 Thông tư 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn quy định chung về khai thuế, tính thuế
“Điều 10. Quy định chung về khai thuế, tính thuế
5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế
a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
…Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế; nếu cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh:
…- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện.
Trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế liên quan đến tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ thì người nộp thuế thực hiện khai điều chỉnh vào hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế nhận được kết luận, quyết định xử lý về thuế theo kết luận, quyết định xử lý về thuế của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền (người nộp thuế không phải lập hồ sơ khai bổ sung).”
– Căn cứ Điều 47 và Điều 151 Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 của Quốc hội quy định khai bổ sung hồ sơ khai thuế và hiệu lực thi hành
“Điều 47. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế
1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
2. Khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế thì người nộp thuế vẫn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế; cơ quan thuế thực hiện xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này.
3. Sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được quy định như sau:
a) Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với trường hợp làm tăng số tiền thuế phải nộp, giảm số tiền thuế được khấu trừ hoặc giảm số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn và bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này;
b) Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.
…
Điều 151. Hiệu lực thi hành
1. Luật này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 7 năm 2020, trừ trường hợp quy định tại khoản 2 Điều này.”
Căn cứ các quy định trên, Cục Thuế TP Hà Nội trả lời đơn vị như sau:
– Nếu Công ty phát sinh số thuế GTGT khâu nhập khẩu phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh (bao gồm số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế) thì Công ty căn cứ chứng từ nộp thuế để kê khai, khấu trừ vào kỳ nộp tiền thuế nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào hướng dẫn tại Khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC.
– Nếu cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế liên quan đến tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ thì Công ty thực hiện khai điều chỉnh vào hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế nhận được kết luận, quyết định xử lý về thuế của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền (Công ty không phải lập hồ sơ khai bổ sung) theo hướng dẫn tại Khoản 5 Điều 10 Thông tư 156/2013/TT-BTC.
Từ ngày 01/7/2020, Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 của Quốc hội có hiệu lực thi hành. Trường hợp Chính phủ ban hành Nghị định hướng dẫn Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14, trong đó quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế khác với hướng dẫn nêu trên thì thực hiện theo quy định tại Nghị định.