Tại Điều 3 Thông tư số 286/2016/TT-BTC ngày 14/11/2016 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí thẩm định quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm trong lĩnh vực nông nghiệp quy định: “Tổ chức thu phí thẩm định quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm trong lĩnh vực nông nghiệp là cơ quan thực hiện nghiệp vụ quản lý chất lượng an toàn vệ sinh thực phẩm nông lâm thuỷ sản, bao gồm: Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản; Các Cơ quan quản lý chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản Trung Bộ, Nam Bộ; Các Trung tâm chất lượng nông lâm thủy sản vùng; Trung tâm kiểm nghiệm, kiểm chứng và tư vấn chất lượng nông lâm thủy sản; Cục Thú y; Cục Bảo vệ thực vật; Cục Chế biến nông lâm thủy sản và nghề muối; Tổng cục Thuỷ sản; Chi cục quản lý chất lượng nông lâm thủy sản; Chi cục Chăn nuôi và thú y; Chi cục Trồng trọt, bảo vệ thực vật; Chi cục Thủy sản”.
Căn cứ quy định nêu trên thì Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện Mộc Châu không phải là tổ chức thu phí thẩm định quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm trong lĩnh vực nông nghiệp theo quy định tại Thông tư số 286/2016/TT-BTC. Do đó, Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện Mộc Châu không được trích lại phí và không lập dự toán kinh phí thực hiện nhiệm vụ thu phí vào năm ngân sách.