Tại Khoản 1 Điều 6 Thông tư số 230/2016/TT-BTC ngày 11/11/2016 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí đăng kiểm an toàn kỹ thuật tàu cá, kiểm định trang thiết bị nghề cá; phí thẩm định xác nhận nguồn gốc nguyên liệu thủy sản; lệ phí cấp giấy phép khai thác, hoạt động thủy sản quy định: “Trung tâm Đăng kiểm tàu cá trích 90% số tiền phí đăng kiểm an toàn kỹ thuật tàu cá, kiểm định trang thiết bị nghề cá thu được để chi cho các nội dung quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP…”
Tại Điểm a Khoản 2 Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí quy định số tiền phí để lại cho tổ chức thu phí được chi dùng cho các nội dung để thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí. Trong đó, có nội dung chi sau đây: “… Các khoản chi khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí”.
Hiện các đơn vị sự nghiệp còn được sử dụng các nguồn tài chính (trong đó có nguồn thu phí được trích lại cho đơn vị) theo quy định tại Nghị định số 141/2016/NĐ-CP ngày 10/10/2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác.
Căn cứ quy định trên thì tổ chức thu phí được sử dụng tiền phí được trích lại để phối hợp thực hiện đăng kiểm an toàn kỹ thuật tàu cá, kiểm định trang thiết bị nghề cá và thu phí phù hợp với quy định tại Nghị định số 120/2016/NĐ-CP và Nghị định số 141/2016/NĐ-CP; không sử dụng tiền phí được trích lại để chi cho các nội dung không liên quan đến việc đăng kiểm an toàn kỹ thuật tàu cá, kiểm định trang thiết bị nghề cá và thu phí.