Căn cứ Khoản 7 Điều 3 Thông tư 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung điểm b Khoản 1 Điều 16 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 3 Điều 5 Thông tư số 119/2014/TT-BTC) hướng dẫn về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ:
“b) Người bán phải lập hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ, bao gồm cả các trường hợp hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mại, quảng cáo, hàng mẫu; hàng hóa, dịch vụ dùng để cho, biếu, tặng, trao đổi, trả thay lương cho người lao động (trừ hàng hóa luân chuyển nội bộ, tiêu dùng nội bộ để tiếp tục quá trình sản xuất).…”.
Căn cứ Điều 11 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế suất thuế GTGT 10% như sau:
"Thuế suất 10% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ không được quy định tại Điều 4, Điều 9 và Điều 10 Thông tư này.
Các mức thuế suất thuế GTGT nêu tại Điều 10, Điều 11 được áp dụng thống nhất cho từng loại hàng hóa, dịch vụ ở các khâu nhập khẩu, sản xuất, gia công hay kinh doanh thương mại".
Căn cứ Điều 16 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014của Bộ Tài chínhhướng dẫn về đối tượng chịu thuế TNDN đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản như sau:
“Điều 16. Đối tượng chịu thuế
1. Doanh nghiệp thuộc diện chịu thuế thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản bao gồm: Doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế, mọi ngành nghề có thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản; Doanh nghiệp kinh doanh bất động sản có thu nhập từ hoạt động cho thuê lại đất.
2. Thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản bao gồm: thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất (gồm cả chuyển nhượng dự án gắn với chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất theo quy định của pháp luật); Thu nhập từ hoạt động cho thuê lại đất của doanh nghiệp kinh doanh bất động sản theo quy định của pháp luật về đất đai không phân biệt có hay không có kết cấu hạ tầng, công trình kiến trúc gắn liền với đất; Thu nhập từ chuyển nhượng nhà, công trình xây dựng gắn liền với đất, kể cả các tài sản gắn liền với nhà, công trình xây dựng đó nếu không tách riêng giá trị tài sản khi chuyển nhượng không phân biệt có hay không có chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất; Thu nhập từ chuyển nhượng các tài sản gắn liền với đất; Thu nhập từ chuyển nhượng quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng nhà ở.
Thu nhập từ cho thuê lại đất của doanh nghiệp kinh doanh bất động sản không bao gồm trường hợp doanh nghiệp chỉ cho thuê nhà, cơ sở hạ tầng, công trình kiến trúc trên đất”.
Căn cứ Nghị định số 140/2016/NĐ-CP ngày 10/10/2016 của Chính phủ quy định về lệ phí trước bạ:
– Tại Khoản 1, Điều 2 quy định về đối tượng chịu lệ phí trước bạ như sau:
“1. Nhà, đất”.
– Tại Điều 6 quy định về giá tính lệ phí trước bạ như sau:
“1. Giá tính lệ phí trước bạ đối với nhà, đất
a) Giá tính lệ phí trước bạ đối với đất là giá đất tại Bảng giá đất do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương ban hành theo quy định của pháp luật về đất đai tại thời điểm kê khai lệ phí trước bạ.
b) Giá tính lệ phí trước bạ đối với nhà là giá do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương ban hành theo quy định của pháp luật về xây dựng tại thời điểm kê khai lệ phí trước bạ.
…
c) Trường hợp giá nhà, đất tại hợp đồng chuyển quyền sử dụng đất, hợp đồng mua bán nhà cao hơn giá do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương ban hành thì giá tính lệ phí trước bạ đối với nhà, đất là giá tại hợp đồng chuyển quyền sử dụng đất, hợp đồng mua bán nhà.”
– Tại Khoản 1, Điều 7 quy định mức thu lệ phí trước bạ theo tỷ lệ % như sau:
“1. Nhà, đất mức thu là 0,5%”.
Căn cứ các quy định và hướng dẫn trên, đối chiếu với nội dung trình bày tại Phiếu chuyển số 310/TC-TCT thì trường hợp doanh nghiệp thanh lý hợp đồng thuê đất với công ty quản lý hạ tầng và thu lại tiền thuê đất, tiền thanh lý tài sản là nhà xưởng gắn liền trên đất thì phải thực hiện lập hóa đơn GTGT theo quy định. Thuế suất thuế GTGT đối với tiền thuê đất và tài sản là nhà xưởng gắn liền trên đất là 10%. Doanh nghiệp phải ghi nhận doanh thu, chi phí để tính và kê khai, nộp thuế TNDN theo quy định. Doanh nghiệp quản lý hạ tầng khi nhận chuyển nhượng lại quyền thuê đất và tài sản là nhà xưởng gắn liền trên đất phải thực hiện kê khai và nộp lệ phí trước bạ theo quy định tại Nghị định số 140/2016/NĐ-CP nêu trên.