Tại điểm a mục 2 điều 6 Thông tư 209/2016/TT-BTC ngày 10/11/2016 về việc “QUY ĐỊNH MỨC THU, CHẾ ĐỘ THU, NỘP, QUẢN LÝ VÀ SỬ DỤNG PHÍ THẨM ĐỊNH DỰ ÁN ĐẦU TƯ XÂY DỰNG, PHÍ THẨM ĐỊNH THIẾT KẾ CƠ SỞ” quy định:
Trường hợp tổ chức thu phí được khoán chi phí hoạt động theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc sử dụng biên chế và sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước:
a) Đối với dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước: Cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định dự án đầu tư xây dựng thu phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng được để lại 90% trên số tiền phí thẩm định thu được và 10% nộp vào ngân sách nhà nước.
Như vậy phần còn lại 90% sau khi nộp 10% vào NSNN sẽ do Đơn vị tự thực hiện chi trả các khoản chi phí để thực hiện công việc thẩm định gồm: Chi phí lương, chi phí văn phòng phẩm, công tác phí, các chi phí chung khác để thực hiện công việc như tiếp khách, hội họp… phù hợp với quy chế tự chủ tài chính của đơn vị và phải có chứng từ hạch toán kế toán đầy đủ.